自从有了转基因食品以来，对于转基因食品的争议就没有停止过，目前对于转基因食物来说，还处在起步阶段，因此一些动物实验等做的还不是很到位，到目前为止谁也不敢说食用转基因食品能够确保对人体无害，因此在这里建议大家最好不要吃，吃一些生态的，绿色的食品，避免给自己的身体带来危害。
生物富集说不清
食物链中有益物质的富集或有害物质的集聚对上一级生物的健康极为关键。目前，转基因作物大多用于饲料，这类转基因生物加入其原来没有的抗病虫害基因或抗杂草基因，其本体会有哪些富集变化，被家畜富集后又会怎样，人食用后会产生什么影响等问题，尚缺少全面系统的科研结论。
药食关系说不清
利用转基因技术可建立动物药库和植物药库，如吃一个西红柿就能预防乙肝。但这种转基因药物对人体有无风险仍需进行长期研究监测才能说得清。
生态影响说不清
转基因生物具有自然生物所不具备的优势，若被释放到环境中，可造成原有的生态平衡被打破，改变物种间的竞争关系。
基因污染说不清
转基因生物造成的基因漂移可能会破坏野生生物的遗传多样性。例如转基因作物花粉随风飘散，由此造成的基因污染将防不胜防。
目前在我国转基因食品越来越多，也存在着很大的滥种问题，这对于食品安全来说危害是很大的，因此我们国家的食品安全机构应该负起责任，避免因转基因食品问题带来的危害，另外在食品标注上应该更加规范，这样人们就有了选择吃，也有选择不吃的权力。